Egy új eszköz javíthatja a genetikai vizsgálatok pontosságát
A Texas Children’s Neurológiai Kutatóintézet (NRI) és a Baylor College of Medicine kutatói a Genome Aggregation Database (gnomAD) keretében egy erőteljes új eszközt fejlesztettek ki a genetikai vizsgálatok pontosságának javítására – ez az áttörés közvetlen hatással van a betegek diagnózisára és ellátására világszerte. A Nature Communications című folyóiratban közzétett munka a helyi származáskövetésnek (LAI) nevezett módszert alkalmazza, amely a genomot származásspecifikus szegmensekre bontja, hogy pontosabb betekintést nyújtson a genetikai különbségekbe.
„Ez a kutatás frissíti genomikai forrásainkat, hogy jobban tükrözze a genetikai variáció teljes spektrumát. Az admix (kevert) populációkra vonatkozó allélgyakorisági becslések pontosításával javíthatjuk a genetikai diagnózisok pontosságát és csökkenthetjük a téves besorolás kockázatát – ami végső soron minden háttérrel rendelkező beteg számára előnyös.” – Dr. Elizabeth Atkinson, a Baylor College of Medicine Molekuláris és Humángenetikai Tanszékének adjunktusa és a Texas Children’s NRI vezető kutatója
A genetikai tesztelés a betegségek diagnosztizálásának hatékony eszköze. Ha a genetikai variánsok gyakoriak az általános populációban, akkor nagyobb valószínűséggel jóindulatúak. A legtöbb populációs gyakoriságra vonatkozó becslés azonban nagy csoportok átlagain alapul. Az olyan emberek esetében, akiknek genetikai háttere több kontinensről származó ősöket tükröz, mint például a gnomAD-ban afrikai/afrikai-amerikai vagy latinó/kevert amerikai kategóriába soroltak, ez az összesített megközelítés elfedheti az ősi összetevőik közötti fontos különbségeket.
Dr. Atkinson csapata helyi származás következtetést (local ancestry inference, LAI) alkalmazott ennek a problémának a megoldására. Ahelyett, hogy a genom egészét vizsgálná, a LAI különböző kontinentális ősökre (például afrikai, európai vagy amerikai őslakosokra) visszavezethető szegmensekre bontja azt. A csoport ezután kiszámította, hogy az egyes variánsok milyen gyakoriak az egyes ősi szegmenseken belül. Ebből kiderült, hogy számos, a globális adatokban ritkának tartott variáns valójában gyakori bizonyos ősi háttérben. „Ezek a különbségek nem csak akadémiai jellegűek. Klinikai következményeik is vannak.” mondta Dr. Atkinson.
A kutatók megállapították, hogy az afrikai/afro-amerikai és a latin-amerikai/keverék amerikai csoportokban a genetikai helyek több mint 80%-ában magasabb volt a gyakoriság legalább egy származásspecifikus traktusban, mint amiről korábban beszámoltak. Egyes esetekben ez a variánst az American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) által használt kulcsfontosságú klinikai küszöbérték fölé tolja, amely alapján egy variánst jóindulatúnak minősítenek. Ez az egyébként esetleg félreértelmezett változatok pontosabb átminősítéséhez vezethet.
Az új, származásspecifikus adatok a gnomAD-on keresztül már nyilvánosan elérhetőek, így a kutatók, klinikusok és genetikai tesztlaboratóriumok számára világszerte pontosabb eszközt biztosítanak a genetikai variációk értelmezéséhez.
„A származás összetett dolog, egyetlen címkét ragasztani a betegekre nem a legpontosabb módja a diagnózis felállításának” – mondta Dr. Atkinson. „Ezzel a kutatással a származás árnyaltabb megközeléítése felé haladunk”.