A Johns Hopkins kutatói nyilvános hasnyálmirigyrák-kezelési atlaszt hoztak létre
Az onkológusok különböző vakcinák és immunellenőrző pont gátló gyógyszerek kombinációival bizonyos immunrendszeri válaszokat értek el hasnyálmirigyrákos betegeknél, de nem mindig egyértelmű, hogy melyik terápia milyen típusú választ vált ki. A további kutatások elősegítése érdekében a Johns Hopkins Kimmel Rákközpont kutatói nyilvánosságra hoztak egy ingyenes, webes atlaszt, amely a áttétes hasnyálmirigyrákos betegek tömeges citometriás profiljait tartalmazza. A munkát részben a Nemzeti Egészségügyi Intézet támogatta.
Az atlasz 260 citometriás profil (immunsejtek markereinek) adatait tartalmazza 64 beteg vérmintáiból, akik két hasnyálmirigyrák-vakcina és két checkpoint-gátló különböző kombinációinak három klinikai vizsgálatában vettek részt – magyarázza Won Jin Ho, M.D., a Johns Hopkins University School of Medicine onkológia tanszékének docense és a Johns Hopkins Kimmel Cancer Center Convergence Institute társigazgatója.
„Van egy platformunk az immunprofilok elkészítéséhez, amely több mint 40 fehérjeszint-markeren alapul, hogy megértsük az immunrendszer reakcióit” – mondja Ho. „A kezelés előtt és után is tanulmányozzuk a betegeket, hogy megértsük a hosszabb távú reakciókat, vagyis azt, hogy a rákkezelések hogyan idéznek elő változásokat az immunrendszerben.”
Az atlasz leírása az Amerikai Rákkutatási Társaság kiadványában, a Cancer Immunology Research január 12-i számában jelent meg. Az online, a SciServeren keresztül elérhető forrás sciserver.org/datasets/biomed/cytof_atlas, három kísérletből származó, teljes mértékben kommentált citometriás adatokat tartalmaz. A Johns Hopkins Institute for Data Intensive Engineering and Science-szel való együttműködésnek köszönhetően az atlasz felhasználói felülete és beépített eszközei egyszerűsítik a sejttípusok és expressziós szintek összehasonlítását. A kutatók idővel további információkkal kívánják bővíteni az atlaszt, többek között tumor szövetek elemzéséből származó adatokkal – mondja Ho.
„A hasnyálmirigyrák olyan halálos betegség, hogy ez motivált minket a nyilvánosságra hozatalra” – mondja Ho. A Pancreatic Cancer Action Network szerint az ötéves túlélési arány mindössze 13%. „Csoportunk számos immunoterápiás vizsgálatot végzett. Ezek kisebb betegcsoportokon végzett korai fázisú vizsgálatok, de nagyon informatívak voltak, még akkor is, ha a klinikai eredmények nem feleltek meg az elvárásainknak.”
A kutatók új citometriás technikákat alkalmaztak a korábban befejezett kísérletekben gyűjtött vérmintákra az atlasz elkészítéséhez, hogy segítsék az új terápiák fejlesztését. Dimitrios Sidiropoulos, Ph.D., a Johns Hopkins számítógépes rákimmunológusa, társszervezője volt a kísérletek közötti adatok integrálásának, és olyan immunjeleket talált a vérben, amelyek specifikus immunterápiákra jellemzőek és tumoros szövetekre vetíthetők, ezzel bizonyítva az atlasz hasznosságát. „Reméljük, hogy ha a tudósok hozzáférhetnek ehhez az adattárhoz, feltárhatják az adatokat és hipotéziseket állíthatnak fel új tanulmányok elvégzéséhez” – mondja Ho.
Ho és kollégái további adatokat tettek közzé tanulmányaikból: a nyers fehérjeexpressziós adatokat a zenodo doi.org/10.5281/zenodo.13937090 oldalon elérhető fájlokban osztják meg. Az elemzési kód a GitHub adattárban érhető el github.com/wjhlab/Immunotherapy-Atlas
A folyóirat ugyanazon számában Ho és kollégái egy új, 57, kemoterápiával kezelt, áttétes hasnyálmirigyrákos betegre kiterjedő, II. fázisú tanulmány eredményeiről is beszámoltak. A Dung Le, M.D., a Bloomberg~Kimmel rákimmunterápia professzora és Katie Bever, M.D., onkológia asszisztens professzor által vezetett vizsgálatban a betegeket két kezelési csoport egyikébe randomizálták: a CRS-207 vakcina plusz az anti-PD1 nivolumab és az anti-CTLA4 ipilimumab immunterápiák, GVAX vakcinával vagy anélkül, hat 21 napos ciklusban.
Bár a válaszadási arányok nem különböztek jelentősen a csoportok között, az Amanda Huff, Ph.D., onkológiai adjunktus által vezetett mélyreható immunológiai vizsgálatok során megfigyelték, hogy a vakcinán alapuló kezelések az antigén mezotelinre és a KRAS mutációra specifikus T-sejt klónokat hozhatnak létre, és hogy ezek a klónok behatolnak a tumorokba. Ezek az eredmények, amelyeket kísérő publikációkban tettek közzé, kiegészítik egymást a kulcsfontosságú immunterápiás szerek hatásának meghatározásában. „Az anti-CTLA4 hozzáadása az immunterápia alapjához jelentősen növeli az antigénnel érintett T-sejtek beszivárgását, és „a jövőbeli immunterápiák fontos részét fogja képezni” – mondja Ho.